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新农合医疗管理系统是中国城乡居民基本医疗保险信息平台发布的一款管理软件,是专为新型农村合作医疗诊所而设计的,该系统以《卫生部关于新型农村合作医疗信息系统建设的指导意见》等一系列国家相关文件为立项依据,能够为新型农村合作医疗提供费用测算、基金收缴、支付补偿。